Большинство учреждений здравоохранения Санкт-Петербурга входят в систему Министерства здравоохранения Российской Федерации и делятся на четыре группы: подчиняющиеся комитету по здравоохранению Санкт-Петербурга, федеральные учреждения Минздрава РФ, федеральные учреждения ФМБА и учреждения Ленинградской области, находящиеся в черте города. Комитет по здравоохранению правительства Санкт-Петербурга является исполнительным органом государственной власти по проведению городской политики в сфере здравоохранения. Помимо учреждений входящих в систему Минздрава РФ, в городе располагаются учреждения здравоохранения других ведомств, а также негосударственные учреждения.

В городе 106 амбулаторно-поликлинических учреждений, 33 стоматологических поликлиники, 44 диспансера разного профиля, 83 стационарных лечебных учреждения, 24 больницы, 57 станций скорой помощи. Среди них, Военно-медицинская академия имени С. М. Кирова, Александровская больница, госпиталь для ветеранов войн, городские психиатрические больницы имени Кащенко, Святого Николая Чудотворца, клиническая инфекционная больница имени Боткина, НИИ гриппа, НИИ акушерства и гинекологии имени Отта, детская больница имени Раухфуса, детская клиническая больница имени Филатова и другие. С 2005 года реализуется национальный приоритетный проект «Здоровье», предусматривающий модернизацию системы городского здравоохранения.

По состоянию на 2015 год уровень здравоохранения в городе по ряду показателей остаётся лучшим в России, также здесь самый низкий уровень смертности в стране. С 2012 года происходит активная модернизация медицинского оборудования и осуществляется программа по повышению качества по проведениям диспансеризации населения, проводится программа по улучшению жилищных условий медицинским работникам.