В 2011 году уровень преступности в Санкт-Петербурге составил 1218 зарегистрированных преступлений на 100 тысяч жителей (122 место среди городов России), снижение по сравнению с 2010 годом на 13,6 %. В 2021 году раскрываемость преступлений составила 41 % и её доля в последние годы снижается. Количество тяжких и особо тяжких преступлений снижается, их доля в общем количестве зарегистрированных преступлений составила 31,8 %. Снижается уровень уличной преступности (16,9 %), уменьшается доля преступлений, связанных с незаконным оборотом наркотиков (12 %). Уменьшается доля краж из жилищ и объектов различных форм собственности (36,4 % от общего количества преступлений по городу). Среди других зарегистрированных преступлений в городе: мошенничество — 49 %, при темпах прироста до 200 % по некоторым статьям и очень низкой раскрываемости, иногда до 20 %. Наибольший процент раскрываемости (более 90 %) по статьям бандитизм, убийство, изнасилование, причинение тяжёлого вреда, взяточничество, разбой, наименьший (менее 10 %) — мошенничество. По результатам опросов жителей города сохраняется общая неудовлетворительная оценка работы правоохранительных органов.

На территории города находятся 4 следственных изолятора (в том числе знаменитые «Кресты»), 4 исправительных колонии и 1 воспитательная колония (Колпино).